Климат (Dfc) субарктический. Средняя температура за год в с. Анюйск, основываясь на наблюдениях, составляет -9.1°C. Наитеплейший месяц — июнь со среднеарифметической температурой 18.2 °C. Месяц, когда зафиксированы самые низкие температуры — январь, среднесуточная температура -33.8 °C. Температурный максимум, фиксируется в июле до 29.4°С, а самая низкая до -49.8°C в феврале. В течение года: солнечно-ясные дни - 89, снегопадные дни - 86, дождливых дней - 39, облачных дней - 152.