Климат (Dfb) влажный континентальный с теплым летом. Наиболее тёплый месяц — август со средней температурой 22.7 °C. Месяц с самым низким температурным режимом — январь, его суточный температурный средний показатель -9.8 °C. Средняя температура за год в Пущино, исходя из данных наблюдений, составляет 8.4°C. Наивысшая температура, отмечается в июле до 30.9°С, а низшая понижается до -28.4°C в январе. За период года: ясные дни - 72, дни со снегом - 74, дни с осадками - 128, облачных дней - 92.