Климат (Dfc) субарктический. Месяц, отмечающийся максимальными теплом — август с привычной температурой 20.3 °C. Месяц, когда температура наиболее низкая — январь, его средний дневной температурный уровень -13.5 °C. Средняя температура воздуха в Шенкурске, на основе наблюдений, достигает 4.9°C. Верхний предел температуры, фиксируется в августе до 30.3°С, а порог минимальной температуры до -35.3°C в январе. За период года: дни ясной погоды - 48, снегопадные дни - 100, дождливых дней - 122, пасмурных дней - 96.